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II - Nukleinsäurenachweise



Allgemeine Bemerkungen zur Molekularbiologischen Diagnostik


Allgemeine Angaben

Methodenbedingt ist der Nachweis nur einer oder weniger DNA-Ziel­sequenzen möglich.

Damit erlaubt das Verfahren nur die Antwort auf sehr spezifische Frage­stellungen ("Ist der Erreger X / das Gen Y im Material vorhanden?"), nicht aber auf allgemeine Fragestellungen "Enthält das Material patho­gene Erreger?" oder "Weist der Patient Labormerkmale einer Infektion auf?".

Besonderheiten des Molekularbiologischen Erregernachweises (PCR und mod. Verfahren) sind:

  • sehr hohe Sensitivität und damit verbunden ein Kontaminations­risiko
  • die Sensitivitätsgrenze einer einfachen PCR liegt bei 5000 bis 50.000 Kopien der Ziel-DNA
  • eine nested PCR kann eine Sensitivitätsgrenze von 10 Kopien der Ziel-DNA aufweisen
  • Real-Time Verfahren mit fluoreszenzmarkierten Proben können eine Sensitivität von ~ 100 Kopien der Ziel-DNA aufweisen

Wenn die Zielsequenz z.B. 10 mal im Genom eines Bakteriums vor­handen ist (z. B. TBC IS6110, 16S-rDNA-Gen der universellen eubakteriellen PCR), weist eine einfache PCR ~ 500 Bakteriengenomäquivalente (GE), eine nested PCR ca. 1-2 (!) GE nach.


Die PCR - im Gegensatz zu kulturellen Verfahren - unterscheidet nicht zwischen vitalen und abgetöten Erregern, da nur die erregerspezifi­sche Nukleinsäure nachgewiesen wird.

Somit ist eine PCR-Anforderung unter Therapie u. U. zum Erreger­nachweis (teilweise als einziges Verfahren) sinnvoll, nicht jedoch zur Therapiekontrolle (gilt insb. für TBC)!


Spezielle Kommentare

Eine gegen die 16S rDNA Gene gerichtete universelle eubakterielle PCR ist prin­zipiell geeignet eine Vielzahl unbekannter Bakterien nachzuweisen und über einen Sequenzabgleich des PCR-Produktes mit publizierten Daten dieses zu identifizieren.

Das Verfahren ist aber nur sinnvoll anzuwenden bei primär sterilen Materialien und der Erwartung eines einzigen Erregers als Krankheitsursache.

Bei einer evtl. Mischflora erhält man überlagerte Sequenzen.
Diese sind - bei rationalem Ressourcen-Einsatz - mit diesem Verfahren nicht sinnvoll zu untersuchen.

Geeignete Materialien für die universelle 16S rDNA PCR sind somit:

  • Liquor
  • EDTA-Blut
  • ggfs Bioptate von primär sterilen Organen wie
    • Leber,   
    • Herz,
    • Hirn etc.

Alle Befundinterpretationen können nur im Zusammenhang mit der klinischen Symptomatik erfolgen!


Stand: Februar 2007


Auszug Einsenderhinweise

II - Nukleinsäurenachweise

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