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Bacteriology


Contact

Prof. Dr. rer. nat.

Bernd Kreikemeyer  

  • Professor für Molekulare Bakteriologie

    am Institut für Medizinische Mikrobiologie,
    Virologie und Hygiene

+49 (0) 381 494 5950
+49 (0) 381 494 5919
+49 (0) 381 494 5902 

bernd.kreikemeyer{bei}med.uni-rostock.de


Büro

Raum: 207

Universitätsmedizin Rostock
IMIKRO
Schillingallee 70
D-18057 Rostock

Sekretariat

Gudrun Riedel

  • Sekretärin
    am Institut für Medizinische Mikrobiologie, Virologie und Hygiene

+49 (0) 381 494 5919
+49 (0) 381 494 5925

gudrun.riedel{bei}med.uni-rostock.de

Raum: 112, EG

Curriculum Vitae

Kreikemeyer, Bernd
Prof. Dr. rer. nat.
geb. 16.08.1966

Berufliche Position:

  • W2 Universitäts-Professor für „Molekulare Bakteriologie“
  • Stellv. Institutsleitung

Institution:
Universität Rostock, Universitätsmedizin (UMR)
Einrichtung:
Institut für Medizinische Mikrobiologie, Virologie und Hygiene (IMIKRO)
Adresse:    
Schillingallee 70,
18057 Rostock

 +49 (0)381-494-5950
Bernd.Kreikemeyer{bei}med.uni-rostock.de

Ausbildung

1987-1992

Studium der Biologie an der Technischen Universität Braunschweig

1993

Diplom in Biologie, Hauptfächer: Mikrobiologie und Biochemie, TU Braunschweig

1993-1996

Promotionsstudent im Department Mikrobiologie der Gesellschaft für Biotechnologische Forschung (GBF, jetzt Helmholtz Zentrum für Infektionsforschung, HZI)

1995

PhD training am Institute of Environmental Sciences, Porirua, New Zealand

1995

PhD training am Microbiology Department, Moyne Institute of Preventive Medicine, Trinity College, Dublin, Ireland, finanziert durch Stipendium des Human Capital and Mobility Fellowship Program

1996

Abschluss der Promotion zum Dr. rer. nat. an der TU Braunschweig

1996-1998

DFG postdoctoral fellow am Centre for Extracellular Matrix Biology, Institute of Biosciences and Technology, Texas A&M University, Houston, Texas, USA

1998-2000

Wissenschaftlicher Angestellter am Institut für Medizinische Mikrobiologie, Virologie und Hygiene der Universitätsmedizin Ulm

2001-2006

C1 Level Wissenschaftlicher Angestellter, Universitätsmedizin, Rostock, Institut für Medizinische Mikrobiologie, Virologie und Hygiene (IMIKRO)

2004

Habilitation (PD Dr. rer. nat. habil.), an der Universitätsmedizin Rostock, “Venia Legendi” für “Allgemeine und molekulare Mikrobiologie”

2007-2010

Unbefristet angestellter Arbeitsgruppenleiter, Universitätsmedizin Rostock, Institut für Medizinische Mikrobiologie, Virologie und Hygiene (IMIKRO)

Seit 2010

Professur (W2) für “Molekulare Bakteriologie”, Stellvertretender Institutsdirektor Institut für Medizinische Mikrobiologie, Virologie und Hygiene an der Universitätsmedizin Rostock

Forschungsschwerpunkte

Die Forschungsschwerpunkte meiner Arbeitsgruppe liegen auf den Gebieten der Infektionsbiologie, Innate Immunity, Mikrobiomforschung, Biomaterialien/Implantat-Bakterien Wechselwirkung, den Bakterien und bakt. Produkten in der anti-Tumortherapie, und der Bakterien-Stammzell Interaktion. Bakterienspezies in diesen Projekten sind Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, sowie zahlreiche oral-paradontal-pathogenen Mikroorganismen.

Schwerpunkte in meinen infektionsbiologischen Projekten sind die Erreger-Wirt Interaktionen der humanpathogenen Bakterienspezies Streptococcus pyogenes sowie seit 2012 das humane Kontaktaktivierungssystem in seiner Funktion in der Infektionsabwehr, Sepsis und damit assoziierter Immunthrombose. Die Forschungen in den letzten 20 Jahren auf dem Gebiet von S. pyogenes beinhalten folgende Schwerpunkte die von der in vitro bis zur in vivo Ebene mittels Insekten- und Mausinfektionsmodellen bearbeitet werden:

  • Wachstumsphasen-abhängige Regulationsmechanismen und Aufklärung regulativer Netzwerke in Streptococcus pyogenes - Systembiologie
  • Identifikation von externen und internen Signalen zur Regulation von Virulenzfaktoren (z. B. Quorum-Sensing)
  • Differentielle Genexpression in S. pyogenes und infizierten eukaryoten Zellen mittels Array-Technologien, NGS und Proteomics
  • Wirtszell-Adhärenz, -Internalisierung, und -Persistenzmechanismen der Bakterien und simultane Apoptoseprozesse der Wirtszelle
  • Funktion von regulativen bakteriellen RNAs im Rahmen von Signalprozessen und Virulenz
  • Kinetische und Genome-Scale Modelle von S. pyogenes. Vorhersage essentieller Gene als neue Therapieziele
  • Antisense-Peptide-Nucleic Acids als neue Therapiemoleküle (in vitro/in vivo) gegen bakterielle Gene und Resistenzgene

Seit ca. 3 Jahren hat sich mein Interesse ebenfalls auf die Untersuchung mikrobieller Gemeinschaften (Mikrobiome/Diversitätsanalysen basierend auf 16S Amplikon-Sequenzierungen) aus allen biotischen und abiotischen Habitaten erweitert und die Untersuchung mariner pathogener Bakterien hat mein Interesse geweckt. Hier sind speziell Vibrionen in Zusammenarbeit mit dem IOW im Mittelpunkt gemeinsamer Untersuchungen.

Auszeichnungen • Ämter • Wissenschaftliche Aktivitäten

Seit 2001

Ad hoc Gutachter für Journal of Bacteriology, Microbial Pathogenesis, Microbes and Infection, Nature Reviews Microbiology, Infection and Immunity, Journal of Clinical Microbiology, IJMM, Clinical Microbiology and Infection, Proteomics, Microbiology (UK), EMBO J, PLOS, BMC, Nature Publishing group, Molecular Microbiology, Cellular Microbiology, Environmental Microbiology und andere.

Seit 2004

Gutachter für DFG, BMBF, Health Research Board in Irland, US-Israel Binational Science Foundation

2005-2007

Mitglied im Laborkoordinierungsrat der Universitätsmedizin

2006

Verleihung des DGHM „Förderpreises für Nachwuchswissenschaftler“

2006

Koordinator des Bachelor-Studienganges „Medizinische Biotechnologie“ der UMR

2010-2014

Mitglied der „Forschungskommission“ der Universitätsmedizin Rostock

Mitgliedschaften:

Seit 2004

Deutscher Hochschulverband

Seit 2001

Deutsche Gesellschaft für Hygiene und Mikrobiologie (DGHM)

Seit 1992

Verein für Allgemeine und Angewandte Mikrobiologie (VAAM)

Seit 1992

American Society for Microbiology

Publikationen • Patente

Originalartikel (peer-reviewed):

80

Reviews (peer-reviewed):

10

Erstautor/Seniorautor:

38

IF gesamt:

~ 464

h-index:

~30 (Scopus.com)

Zitationen (gesamt):

2660 (Researchgate)

Link Pubmed:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Kreikemeyer+B)

a) 10 ausgesuchte peer-reviewed Publikationen:

1.

Schäffler H, Kaschitzki A, Alberts C, Bodammer P, Bannert K, Köller T, Warnke P, Kreikemeyer B, Lamprecht G.(2016) Alterations in the mucosa-associated bacterial composition in Crohn's disease: a pilot study. Int J Colorectal Dis.  in press, PMID:26951181

2.

Schaffler H, Herlemann DPR, Alberts C, Kaschitzki A, Bodammer P, Bannert K, Koller T, Warnke P, Kreikemeyer B, Lamprecht G.(2016)  Mucosa-attached bacterial community in Crohn’s Disease coheres with the Clinical Disease Activity Index. Environ Microbiol Rep., in press

3.

Levering J, Fiedler T, Sieg A, van Grinsven KW, Hering S, Veith N, Olivier BG, Klett L, Hugenholtz J, Teusink B, Kreikemeyer B, Kummer U. (2016) Genome-scale reconstruction of the Streptococcus pyogenes M49 metabolic network reveals growth requirements and indicates potential drug targets. J Biotechnol. pii: S0168-1656(16)30007-4. PMID:26970054

4.

Patenge N, Pappesch R, Khani A, Kreikemeyer B. (2015) Genome-wide analyses of small non-coding RNAs in streptococci. Front Genet., 6:189, PMID:26042151

5.

Nitzsche R, Rosenheinrich M, Kreikemeyer B, Oehmcke-Hecht S. (2015) Streptococcus pyogenes triggers activation of the human contact system by streptokinase. Infect Immun. 83(8):3035-42, PMID:25987706

6.

Patenge N, Pappesch R, Krawack F, Walda C, Mraheil MA, Jacob A, Hain T, Kreikemeyer B. (2013) Inhibition of Growth and Gene Expression by PNA-peptide Conjugates in Streptococcus pyogenes. Mol Ther Nucleic Acids. 5;2:e132. PMID:24193033

7.

Oehmcke S, Westman J, Malmström J, Mörgelin M, Olin AI, Kreikemeyer B, Herwald H. (2013) A novel role for pro-coagulant microvesicles in the early host defense against streptococcus pyogenes. PLoS Pathog. 9(8):e1003529. PMID:23935504

8.

Patenge N, Billion A, Raasch P, Normann J, Wisniewska-Kucper A, Retey J, Boisguérin V, Hartsch T, Hain T, Kreikemeyer B. (2012) Identification of novel growth phase- and media-dependent small non-coding RNAs in Streptococcus pyogenes M49 using intergenic tiling arrays. BMC Genomics. 13:550. PMID:23062031

9.

Linke C, Siemens N, Oehmcke S, Radjainia M, Law RH, Whisstock JC, Baker EN, Kreikemeyer B. (2012) The extracellular protein factor Epf from Streptococcus pyogenes is a cell surface adhesin that binds to cells through an N-terminal domain containing a carbohydrate-binding module. J Biol Chem.  287(45):38178-89.PMID:22977243

10.

Siemens N, Patenge N, Otto J, Fiedler T, Kreikemeyer B. (2011) Streptococcus pyogenes M49 plasminogen/plasmin binding facilitates keratinocyte invasion via integrin-integrin-linked kinase (ILK) pathways and protects from macrophage killing. J Biol Chem. 286(24):21612-22. PMID:21521694

a)   Patente:

M. Höök, B. Kreikemeyer, R.T. Owens, R.L. Rich, S. Nallapareddy, B.M. Murray, G.M. Weinstock

Titel: Collagen-Binding MSCRAMM from Enterococcus faecalis.

Patent file No. TAMK: 211PZ1, Texas A&M University

Projekt-Management

Drittmittelprojekte der letzten 5 Jahre

2014-2017

BMBF ERAfrica Program: Joint Call of Programme Owners from EU Member States, countries associated to the 7th EU RTD Framework Programme and Africa on “New Ideas”: “Health hazards caused by bacteria in traditional African fermented dairy products: Food safety and epidemiology (SafeDiary)”.
Beteiligte Gruppen: Leo Meile (ETH Zürich, Schweiz), Kreikemeyer (Rostock), Wambui Kogi-Makau (Universität Nairobi, Kenya), Bassirou Bonfoh (Centre Suisse Recherches Scientific, Cote d´Ivoire), Pierre Renault (INRA, France), Jan Hattendorf (Swiss Tropical Institute, Schweiz)

2013-2017

DFG GRK WELISA (1505/2): „Analyse und Simulation elektrischer Wechselwirkungen zwischen Implantaten und Biosystemen“.
Teilprojekt Kreikemeyer: Verhinderung von Biofilmbildung durch S. aureus und S. epidermidis auf elektrostimmulierbaren Implantatmaterialien (M-4, E-6, T-8)

2009-2012

BMBF Grant ERA-NET PathoGenoMics II:
Titel: sncRNAomics - High throughput comparative sncRNAome analysis in major Gram-positive human pathogenic bacteria: functional characterization by a systems biology approach and peptide nucleic acid drug design.
Beteiligte Gruppen:
Hain (Deutschland), Rupnik (Slowakei), Hartke (Frankreich), Kreikemeyer (Deutschland), Engelmann (Deutschland), Vorwerk (Deutschland), Hartsch (Deutschland)

2010-2014

BMBF-Systembiologie an Mikroorganismen (SysMO II): Titel: Vergleichende Systembiologie von Milchsäurebakterien.
Beteiligte Gruppen: Teusink (Niederlande), Kummer (Deutschland), Kreikemeyer (Deutschland), Wade (Deutschland), Westerhoff (Manchester), Nes (Norwegen), Jensen (Dänemark)

2007-2010

BMBF Grant ERA-NET PathoGenoMics I:
Titel
: A comparative molecular analysis of group A and B streptococcal pathogenesis.
Beteiligte Gruppen
: Kreikemeyer (Rostock), Podbielski (Rostock),  Münch (Braunschweig), Hanski (Israel), Trieu-Cuot und Glaser (Inst. Pasteur, Paris, France).

2007-2010

BMBF-Systembiologie an Mikroorganismen (SysMO I): Titel: Comparative Systems Biology of Lactic Acid Bacteria.
Beteiligte Gruppen
: Kreikemeyer (Rostock), Westerhof (Amsterdam und Manchester), de Vos (Nizo,), Nes (Norwegen), Kummer (Heidelberg), Teusink und Hugenholtz (NIZO und WCFS, Niederlande)

*BMBF: Bundesministerium für Bildung und Forschung (Federal Ministry for Education and Research)

**DFG: Deutsche Forschungsgemeinschaft (German Research Foundation)

AG Kreikemeyer

Importance

Group A Streptococci

Group A Streptococci (Streptococcus pyogenes) are important human pathogens that frequently cause purulent infections like tonsillopharyngitis and pyoderma.

Less often, they cause severe systemic infections like necrotising fasciitis and streptococcal toxic shock syndrome.
Some patients develop non-purulent sequelae like rheumatic fever and acute glomerulonephritis.

Exacerbations of guttate psoriasis and obsessive-compulsive neurologic disorders are other complications of streptococcal infections.

Annually, about 12% of the world population suffers from at least one group A streptococcal infection.

In addition, group A streptococci can persist for prolonged periods in the tonsils or the skin of patients without causing symptoms (asymptomatic carrier status). From these locations, group A Streptococci cause recurrent local infections, metastatic infections at other body sites and after aerogenic or contact transmission, infections in other persons.

Since group A streptococci are exclusive human pathogens, interruption of the inter-person spread and eradication from asymptomatic carriers would be the basis for an effective control of these bacteria.

Like other bacteria, group A streptococci possess several complex regulatory circuits, by which they can adapt their metabolic activities and virulence functions to environmental conditions, their growth phase and potentially, their population density.

When interacting with a human host, the bacteria will specifically bind to host cells and subsequently, damage the cells by the activity of own toxins or by modulation of the host inflammatory response.

Alternatively, the bacteria can internalize into host cells to persist for prolonged periods while evading the host immune response. Finally, the bacteria are able to form monospecies biofilms or integrate into mixed species biofilms. Again, both habitats offer protection against the host defence mechanisms.

With our studies, we characterize group A streptococcal virulence factor and regulatory pathways in order to understand phase variations and fine tuning of bacterial virulence and the interactions with eukaryotic host cells and other bacteria inhabiting the same anatomical compartments.

Main Topics

Current research projects on group A streptococci in the institute are

  • molecular characterization of S. pyogenes surface-associated adhesins, secreted enzymes and toxins

  • regulation of virulence gene expression and phase switching

  • system biology approach to elucidate the S. pyogenes whole cell metabolism and its association to virulence

  • bacteria-host interactions during adherence, internalization, and intracellular persistence as well as during evasion from the host cell

  • characterization of the molecular biology of S. pyogenes monospecies biofilms

  • interactions between S. pyogenes and other bacterial species of the human oral cavity and skin in the course of mixed species biofilm formation

  • effects of life cell / killed S. pyogenes preparations as adjuvants in experimental tumor therapy

Methods

Working groups in this area